靶標釣取（target fishing），是指利用已知靶標的小分子藥物庫，通過結構相似性、化學環境的相似性等匹配原則，計算目標小分子與庫中各藥物的匹配得分，進而預測目標小分子的靶標。一個明確的藥物靶標是后續藥物構效分析、藥物機機理解釋、苗頭化合物篩選、先導物化合物設計等的重要基礎。在藥物設計及生物醫藥相關的研究中
分子對接（molecular docking）是指利用“鎖鑰原理”搜索配體結合到受體上時最佳的結合構象。分子對接可評價藥物等配體與受體的親和力大小，并分析他們的結合模式。是一種基于結構的藥物設計方法，在酶學研究及藥物設計領域有著廣泛的應用。主要包括：小分子抑制活性、催化結合構象、蛋白-蛋白相互作用等。實驗項目：1.小分
虛擬篩選（virtual screening），即利用化學信息學建立藥物活性與化合物結構的關系，并從待篩選庫中篩選潛在活性小分子的方法，是目前廣泛應用的藥物計算方法。通常的篩選方法有類藥性篩選、相似性篩選ADMET篩選、基于分子對接的虛擬篩選和藥效團篩選等等。篩選規則：在藥物的虛擬篩選中，常常需要考慮類藥性等基本篩選條件
拉氏構象圖，根據蛋白質中非鍵合原子間的最小接觸距離，確定哪些成對二面角（Φ、Ψ）所規定的兩個相鄰肽單位的構象是允許的，哪些是不允許的。可用來鑒定蛋白質構象是否合理。常常作為同源模型的評價指標。
同源建模（homology modeling），即將一個與目標蛋白具有良好同源性的蛋白的三維模型作為模板，預測目標蛋白的三維結構。蛋白質三維結構作為基于結構的藥物設計和理解其生物學功能的重要基礎，具有不可替代的作用。但目前蛋白晶體結構數據庫中的已知蛋白晶體結構有限。同源建模構建蛋白的三維結構，具有良好的可信度，是目前
分子動力學模擬（molecular dynamics simulation）是一種基于物理、化學、數學等學科，模擬粒子體系的微觀運動的方法。在流體動力學、新材料、生物醫藥等方向應用較多。在藥物設計中可用于藥物與受體相互作用分析、結合能計算，抑制劑構效關系分析、受體氨基酸突變研究、大分子變構調節機制研究等等。常用分析：1.模型穩定性
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